Sannsynligvis er denne øya blitt observert av norske vikinger i tidligere tider, men det er gått i glemmeboken. Senere har munken St. Brendan observert den i 550 da han var ute på en lengre seilas i en skinnbåt. Han valgte å kalle den "Helvetes port". Siden da har den hatt mange navn på godt og vondt. Det var hollenderen Jan Jacobsz May som til slutt ga øya sitt navn da han satte sin fot der i 1614. På den tiden ble det fanget mye grønlandshval der og til tider var det flere fangststasjoner der. Det skal da ha vært opptil 1000 personer der i motsetning til de ca. 20 som er der nå. De første overvintrerne som var der omkom alle som en. Det var i 1633-34 at 7 hollendere bestemte seg til å bli. De døde av skjørbuk.
Fangsten ebbet ut i 1642, da var hvalen stort sett utryddet. Senere lå øya øde og forlatt i 200 år inntil norske fartøy opptok fangst av klappmyss og grønlandssel i Vestisen i 1840. Det ble også satt i gang landfangst på hvitrev og blårev. Dette pågikk fra 1906 til 1929. Årsfangsten var på opptil 260 rev og det kunne bli en meget god inntekt når man vet at stykkprisen på slike skinn kunne være omkring kr 400. Imidlertid svingte fangsresultatet kraftig og antall fangstfolk som ville prøve lykken var til tider så stor at det i en "grafitti" i en vinduskarm på ei hytte står skrevet at det er "flere fangstfolk enn rev".
I tillegg til at det neppe var særlig enkelt å drive fangst på Jan Mayen, pågikk det en omfattende strid med hensyn til eiendomsrett til flere områder på øya og det verserte flere anneksjoner og salgsavtaler som gjorde det særdeles vanskelig å finne ut av hvem som hadde retten på sin side.